En bref
Le but de pyLSM est de donner à python un interface simple pour lire les images de microscope confocale LSM de Zeiss. Dans cette version, pyLSM introduit une interface graphique rudimentaire pour charger et afficher les images. Il est aussi capable d’afficher les tranches et cannaux de vos images confocales.
Pourquoi ?
Dans le cadre de mon post-doc à l’EMBL, je devais faire de l’imagerie avec un microscope confocal (LSM 510 live pour les connaisseurs). Malheureusement, les fichiers générés, du tiff modifié, n’étaient sont pas lisibles nativement. La bonne nouvelle, c’est qu’il existait déjà des modules libres (via imageJ) ou gratuits (via Matlab) pouvant charger ces images. La mauvaise nouvelle, c’est que j’avais besoins de fonctionnalités plus avancées que imageJ, j’avais envie de me défaire de Matlab et que j’aime Python.
Les spécificités de ces fichiers
C’est donc pour tout ça que j’ai décidé d’écrire un module pour Python qui me permette de charger ces images. Ça n’a pas été très simple, car ces fichiers sont constitués de plusieurs images, une par canal et par tranche. En effet, en imagerie confocale, on peut exciter spécifiquement des fluorofores (c’est à dire des donneurs de fluorescence) et ainsi avoir un canal par marqueur. Une seconde spécificité de ces microscopes, c’est de pouvoir faire des tranches optiques, donc avoir une série d’images qui peuvent reconstituer nos objets en 3D (c’est la chance en biologie de travailler avec des matériaux relativement transparents, ce qui permet ces tranches optiques). Tout ça pour dire qu’il y a des foules d’informations dans ces fichiers.
Avec ce petit module Python, il est donc possible de visualiser les différents canaux et tranches.
Parce que je suis très original et que je ne le cache pas, j’ai baptisé ce module pyLSM, py pour python et LSM pour… LSM (c’est l’extension des fichiers).
Conclusion
Bien qu’initialement écrit pour des besoins très spécifiques pour l’étude de fuseaux mitotiques, pyLSM est utilisé par d’autres laboratoires, comme OpenAlea, un outil open-source de recherche sur les végétaux écrit par un laboratoire de l’INRIA.
pyLSM est Open-Source. Il peut être téléchargé ici : https://launchpad.net/pylsm